Fakultas Farmasi Universitas Andalas didirikan dengan nama Jurusan Farmasi di bawah Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA) pada tanggal 21 September 1964. FIPIA dibuka dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 41007/Kab., pada tanggal 14 Juli 1955. Pendirian FIPIA diresmikan oleh Wakil Presiden Republik Indonesia, Drs. Moh. Hatta, pada tanggal 7 September 1955 di Bukittinggi, dengan dua Jurusan yaitu Ilmu Pasti dan Geologi. Pejabat Dekan pertama pada saat itu adalah Prof. Dr. Moh. Sjaaf.

Setelah berjalan selama lebih kurang tiga tahun, kegiatan akademis FIPIA terpaksa dibekukan karena terjadi pergolakan daerah. FIPIA Universitas Andalas kembali dibuka pada tahun 1962 di Padang atas inisiatif beberapa staf pengajar Fakultas Pertanian dan Kedokteran yang dikoordinasikan oleh Drs. Wildan Yatim Lubis, dengan satu Jurusan yaitu Biologi. Jurusan Farmasi baru terwujud dua tahun kemudian, tepatnya tanggal 21 September 1964. Hal ini tidak terlepas dari semangat dan kerja keras Drs. Sjahriar Harun, Apt., yang saat itu menjabat sebagai Dekan FIPIA Universitas Andalas (periode 1964 – 1965), dibantu oleh beberapa rekannya antara lain Drs. Sjahril Kudus, Drs. H. Nadir Chan, Drs. Cahyono dan Ir. Soekisno Hadikumoro. Tanggal 21 September 1964 ini ditetapkan sebagai hari kelahiran Fakultas Farmasi Universitas Andalas.

Pada periode awal ini (1964–1971), Jurusan Farmasi Universitas Andalas dipimpin oleh Drs. Sjahriar Harun, Apt sebagai ketua jurusan. Jurusan Farmasi berhasil meluluskan sarjana farmasi untuk pertama kalinya pada tanggal 30 Juni 1973. Setelah berhasil meluluskan sarjana farmasi, Jurusan Farmasi. membuka Program Pendidikan Profesi Apoteker yang pengelolaannya berkerjasama dengan Kanwil Departemen Kesehatan RI Provinsi Sumatera Barat. Jurusan Farmasi menganugerahkan gelar Apoteker untuk pertama kalinya pada tanggal 12 Agustus 1974.

Pada tahun 2000, untuk meningkatkan kesempatan masyarakat untuk melanjutkan pendidikan di Jurusan Farmasi Universitas Andalas, dilakukan penambahan daya tampung dengan membuka Program Studi Non Reguler (S-1 Ekstensi) yang disahkan melalui SK Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional RI No. 89/DIKTI/Kep/2000. Dengan dibukanya program ekstensi ini, sumber daya yang dimiliki oleh Jurusan Farmasi dapat dioptimalkan. Seiring dengan peningkatan kualitas sumber daya dosen, mulai tahun 2003 telah dibuka dan dimulai Program Pascasarjana Ilmu Farmasi yang dimulai dengan program studi magister farmasi (S-2) sesuai dengan SK Dirjen Dikti no 1434/D/T/2003 tanggal 9 Juli 2003 dan dilanjutkan dengan pembukaan program studi Doktor Farmasi Universitas Andalas dibuka pada tahun 2018 sesuai dengan SK Menristekdikti no 1204/KP/I/2018 tanggal 28 Desember 2018.

Upaya perubahan bentuk Jurusan Farmasi menjadi Fakultas Farmasi dimulai pada tahun 2007 pada periode kepemimpinan Prof. Dr. Dachriyanus, Apt. sebagai Ketua Jurusan dan Prof. Dr. Almahdy A, MS, Apt sebagai Sekretaris Jurusan. Melalui perjuangan yang panjang dan dukungan dari segenap staf, perubahan Jurusan Farmasi menjadi Fakultas Farmasi disetujui oleh Dirjen Dikti pada tahun 2008, serta disahkan melalui SK Dirjen DIKTI No. 0940/D.2.2/2008 tanggal 24 April 2008. Pada tahun yang sama, dikeluarkan SK Rektor No. 984/III/A/Unand-2008 tanggal 2 Juni 2008 tentang pembentukan Fakultas Farmasi. Fakultas Farmasi resmi masuk dalam Organisasi dan Tata Kerja Universitas Andalas sesuai dengan Permendikbud No. 25 tahun 2012 tanggal 18 April 2012.

Sebagaimana halnya fakultas baru, pada tahun 2008 pengelola Fakultas Farmasi Universitas Andalas mengajukan proposal  untuk pembangun gedung yang representatif yang  dapat mendukung kegiatan tridharma yang makin berkembang. Setelah melalui perjuangan yang panjang, proposal ini disetujui dan pembangunan struktur gedung Fakultas Farmasi dimulai pada tahun 2010 yang berlokasi di zona selatan Kampus Universitas Andalas. Meski sempat terhenti sementara, pembangunan dapat dilanjurkan lagi pada tahun 2014. Pada tahun 2015, gedung baru Fakultas Farmasi Universitas Andalas diresmikan oleh Rektor, Prof. Dr. Werry Darta Taifur.

Proses transisi operasional Fakultas Farmasi dari gedung lama ke gedung baru dilakukan secara bertahap. Pada tahun 2019, gedung baru Fakultas Farmasi resmi ditempati secara penuh dan digunakan untuk kegiatan pendidikan, penelitian, kemahasiswaan, serta administrasi fakultas. Dengan terpusatnya fasilitas-fasilitas seperti laboratorium, sarana ibadah, ruang kelas, dan ruang seminar di gedung ini, seluruh kegiatan di Fakultas Farmasi dapat berjalan dengan lebih optimal.